Harry'nin Dursley'lerin evindeki odasında bir evcini Dobby ile karşılaşması ile başlayan kitap korkutucu ve gizemli olaylarla devam eder. Harry bu kitapta çatalağız olduğunu keşfeder. Böylece içinde aslında Slytherin'nin varisi olabileceği şüphesi büyümeye başlar. Varis, Hogwarts'daki muggle doğumlulara (anne ve babası büyücü olmayanlar, bulanıklar) yapılan saldırılardan sorumlu tutulmaktadır. Harry tesadüfen bir günlük bulur. Günlük sihirli bir günlüktür ve Harry günlükte Tom Riddle adında bir gençle konuşur ve Riddle Harry'ye yıllar önce Sırlar Odasının kapısını açan kişiyi gösterir. Günlüğe göre -Tom Riddle'le göre- Sırlar Odasını açan Hagrid'dir. Bu esnada Hermione Granger'da dahil olmak üzere bazı öğrenciler (muggle doğumlu olup olmadığına bakılmaksızın) saldırıya uğrarlar ve taşlaşırlar. Son olarak Ginny Weasley -Ron Weasley'in kız kardeşi- Sırlar Odasına kaçırılır. Harry Ginny'i kurtarmak için Sırlar Odasına girer ve Godric Gryffindor'un kılıcı ile Basilisk isimli dev yılanı öldürür. Olaylar çözülür ve günlüğün aslında genç Voldemort'a ait olduğu ve Ginny'yi kontrolu altına alarak Sırlar Odasını açtırdığı anlaşılır. Harry, ev cini Dobby'yi de sahibi Lucius Malfoy'dan -Draco'nun babası- kurtararak özgürlüğüne kavuşturur.